Pada awalnya Kelurahan Loji merupakan salah satu desa dari Kecamatan Ciomas.[3] Tahun 1995 Kotamadya Bogor mengalami pemekaran wilayah berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) No. 2 Tahun 1995[4] yang menyebabkan perubahan batas-batas wilayah antara Kabupaten dan Kotamadya, sebagian desa dari Kecamatan Ciomas dan Dramaga masuk ke Kecamatan Bogor Barat bersama beberapa desa dari Kecamatan Semplak,[5][6] sebagian lainnya tetap masuk dalam wilayah Kabupaten Bogor.
Adapun desa-desa dari Kecamatan Ciomas yang masuk ke dalam wilayah Kotamadya Bogor berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) No. 2 Tahun 1995, yaitu:
