Liga Super Indonesia 2009–10 merupakan musim kedua dalam kompetisi Liga Super Indonesia sejak dimulainya kompetisi Liga Super di musim 2008. Ini juga merupakan musim kelima belas dalam Liga Indonesia.
Kompetisi ini akan dimulai pada bulan November 2009 dan direncanakan berakhir pada bulan Juni 2010.
Diperbarui hingga pertandingan yang dimainkan pada 30 Mei 2010. Sumber: Liga Indonesia Warna: Biru = tim tuan rumah menang; Kuning = seri; Merah = tim tamu menang. Catatan:
↑Persiwa mendapatkan kemenangan karena kepolisian tidak memberikan izin pertandingan.[butuh rujukan]
↑Persik mendapatkan kemenangan karena Persebaya tidak hadir saat pertandingan.