Organisasi hak asasi manusia seperti Amnesty International dan Human Rights Watch menduga bahwa pemerintahan Soeharto menggunakan Cipinang dan penjara lainnya untuk membungkam pembangkang dari masa pemerintahan Soekarno dan Irian Jaya.[3]
Dalam laporan tahunan 2005, AI juga mengemukakan mengenai penyiksaan dan perlakuan buruk terhadap para tahanan di Cipinang dan penjara lainnya. Organisasi ini mengungkapkan:
Menurut sebuah survei yang dilakukan oleh organisasi nonpemerintah, lebih dari 81 persen tahanan yang ditangkap antara bulan Januari 2003 dan April 2005 di rumah tahanan Salemba, Cipinang, dan Pondok Bambu, disiksa atau diperlakukan dengan buruk. Sekitar 64 persen tahanan disiksa atau diperlakukan dengan buruk saat diinterogasi, 43 persen saat penangkapan, dan 25 persen saat penahanan.[4]
Abu Bakar Ba'asyir, pemimpin spiritual kelompok teroris Jamaah Islamiyah, dijebloskan ke Cipinang. Ia dibebaskan setelah ditahan selama 2 tahun 2 bulan atas dakwaan konspirasi dalam peristiwa Bom Bali 2002.
Kondisi terkini
Lapas Cipinang menampung 4.000 tahanan di sel yang dirancang untuk menampung 1.500 tahanan.[8] Tahanan yang memiliki koneksi bagus sering kali memperoleh fasilitas dan akomodasi yang superior.[9]
Galeri
Foto pembangunan Lapas Cipinang di Meester Cornelis, Batavia (saat ini Jatinegara, Jakarta) sekitar tahun 1922
Foto udara tempo dulu Lapas Cipinang dan Stasiun Cipinang dari sisi selatan menghadap ke utara
