Prof. Ir. Kusnoto Setyodiwirjo (11 Februari 1911–29 April 1981) adalah ilmuwan biologi Indonesia, orang Indonesia pertama yang menjabat sebagai Direktur Kebun Raya Bogor pada 1950.[1] Ia merupakan sedikit dari orang Indonesia yang bekerja sebagai peneliti di Buitenzorg ketika masa kolonialisme Belanda.[2] Saat pendudukan Jepang, Kusnoto berprofesi sebagai Kepala Biro Penelitian Pertanian.[3]
Pada 28 Mei 1955, Kusnoto mendirikan Akademi Biologi demi memenuhi kebutuhan ahli-ahli biologi di Indonesia. Lokasinya berada di Kebun Raya Cibodas dan berafiliasi dengan Kebun Raya Bogor, di mana lulusannya diwajibkan untuk bekerja di sana. Peresmian akademi ini dilakukan oleh Wakil Presiden Mohammad Hatta dan dihadiri Menteri Pertanian Mohammad Sardjan.[3] Dari akademi inilah muncul angkatan pertama ilmuwan biologi yang berbakat dan patriotik di bidangnya. Salah satu misinya dekolonisasi ilmu biologi Indonesia, dengan menghasilkan 30 lulusan ahli biologi Indonesia per tahun.[2]
Departemen Pertanian menggantikan Koesnoto dengan Sadikin Soemintawikarta sebagai Direktur Kebun Raya Bogor pada 1959. Sadikin sebelumnya menjabat sebagai Direktur Akademi Biologi.[2]