Pada babak ini, 10 tim yang berhak melaju dari Babak Pertama dibagi ke dalam 2 grup secara acak, yang terdiri dari 5 tim di setiap grup, untuk bermain satu sama lain dua kali. Pertandingan dimainkan dengan sistem kandang-tandang. Pemenang masing-masing grup mendapatkan jatah langsung ke putaran final di Korea Selatan dan Jepang, sementara peringkat kedua setiap grup akan bermain satu sama lain dengan sistem kandang-tandang dalam suatu pertandingan play-off, dan pemenangnya akan mewakili AFC dalam pertandingan play-off melawan wakil dari UEFA untuk selanjutnya melaju ke putaran final.
Pertandingan ini merupakan pertandingan ulang dari pertandingan tanggal 13 Oktober 2001 yang dihentikan pada menit ke-24 saat kedudukan 0–1, karena terjadi korsleting listrik yang menyebabkan lampu stadion padam.[1]