Desa Krandegan terletak di barat Kecamatan Paninggaran. Desa Krandegan berjarak 1km dari pusat Kecamatan Paninggaran, serta 26km dari Kajen Pusat pemerintahan Kabupaten Pekalongan. Secara topografi Desa Krandegan berada di dataran tinggi dengan ketenggian antara 500-600 mdpl. Desa Krandegan memiliki luas wilayah sebesar 314 ha.