Desa Kobo Kecil telah dibentuk sejak masa penjajahan Belanda dan pendudukan Jepang di Indonesia. Pada tahun 1957, Kabupaten Bolaang Mongondow dibentuk bersama dengan pemerintahannya. Desa Kobo Kecil kemudian dibentuk sebagai salah satu desa otonom di wilayah Kecamatan Lolayan.
Pada tahun 2007, Undang-undang Pembentukan Daerah Otonom Kota Kotamobagu disahkan. Desa Kobo Kecil ditetapkan sebagai salah satu desa yang termasuk di wilayah Kota Kotamobagu. Desa Kobo Kecil secara resmi masuk ke wilayah administratif Kecamatan Kotamobagu Timur.
