Meskipun raja-raja Kerajaan Napoli era Napoleon secara resmi bergelar Raja Napoli dan Sisilia, dominasi Inggris di Mediterania membuat Prancis tidak mungkin menguasai Sisilia, tempat Ferdinand melarikan diri, kekuasaan Prancis terbatas pada daratan Kerajaan Napoli saja sementara Ferdinand melanjutkan untuk tinggal dan memerintah Kerajaan Sisilia.
Joseph BonaparteJoachim Murat sebagai Raja Napoli, sekitar tahun 1812
Dalam semangat modernisasi Revolusi Prancis, rezim Joseph dan Murat menerapkan program reformasi menyeluruh terhadap organisasi dan struktur kerajaan feodal kuno. Pada tanggal 2 Agustus 1806 Feodalisme dihapuskan dan semua hak dan hak istimewa kaum bangsawan ditekan.[1] Praktik penyalahgunaan pajak juga berakhir dan pengumpulan semua pajak perlahan-lahan dikendalikan langsung oleh pusat ketika pemerintah mengeluarkan para kontraktor dan memberi kompensasi kepada mereka yang telah kehilangan hak-hak istimewa untuk memungut pajak[2] Sistem penerangan jalan umum pertama, yang meniru Paris, juga dipasang di kota Napoli pada masa pemerintahan Joseph.
Melanjutkan sentimen anti-pendeta Revolusi, properti Gereja disita secara massal dan dilelang sebagai Biens nationalaux (sebagai kompensasi atas hilangnya hak feodal, para bangsawan menerima sertifikat yang dapat ditukar dengan properti semacam itu). Namun, tidak semua tanah gereja langsung dijual, dengan beberapa dipertahankan untuk mendukung yayasan amal dan pendidikan.[3] Sebagian besar ordo monastik juga ditekan dan dana mereka ditransfer ke kerajaan.[4]
Pada tahun 1808 Joachim Murat, suami dari saudara perempuan Napoleon,Caroline, diberikan mahkota Napoli oleh Kaisar setelah Joseph dengan enggan menerima takhta Spanyol. Murat bergabung dengan Napoleon dalam invasi Prancis pada tahun 1812 dan, ketika kejatuhan Napoleon terungkap, semakin berusaha untuk menyelamatkan kerajaannya sendiri. Membuka komunikasi dengan Austria dan Inggris, Murat menandatangani perjanjian dengan Austria pada 11 Januari 1814 di mana, sebagai imbalan untuk melepaskan klaimnya ke Sisilia dan memberikan dukungan militer kepada Sekutu dalam perang melawan mantan Kaisarnya. Austria menjamin Murat bahwa dia akan terus menguasai Napoli.[5] Berbaris pasukannya utara, Murat bergabung dengan Austria melawan anak tiri Napoleon, Eugene de Beauharnais, Raja Muda Kerajaan Italia . Setelah awalnya membuka komunikasi rahasia dengan Eugene untuk mengeksplorasi pilihannya untuk berpindah pihak lagi, Murat akhirnya berkomitmen pada pihak sekutu dan menyerang Piacenza .[6] Setelah Napoleon turun takhta pada 11 April 1814 dan gencatan senjata Eugene, Murat kembali ke Naples, tetapi sekutu barunya sedikit mempercayainya dan dia menjadi yakin bahwa mereka akan menggulingkannya. Sekembalinya Napoleon pada tahun 1815, Murat menyerang dari Rimini ke pasukan Austria di Italia utara, dalam apa yang dia anggap sebagai serangan pencegahan. Para penguasa di Kongres Wina berasumsi bahwa dia bersekutu dengan Napoleon, tetapi ini sebenarnya kebalikan dari kebenaran, karena Napoleon kemudian berusaha untuk mendapatkan pengakuan atas kepulangannya ke Prancis melalui janji-janji perdamaian, bukan perang. Pada tanggal 2 April Murat memasuki Bologna tanpa perlawanan, tetapi segera dia mundur dengan cepat saat pasukan Austria menyeberangi Po di Occhiobello dan pasukan Neapolitannya hancur pada tanda pertama pertempuran. Murat mundur ke Cesena, lalu Ancona, lalu Tolentino .[7] Pada Pertempuran Tolentino pada 3 Mei 1815, pasukan Neapolitan disingkirkan dan, meskipun Murat melarikan diri ke Napoli, posisinya tidak dapat dipulihkan dan dia segera melanjutkan pelariannya, meninggalkan Napoli ke Prancis. Ferdinand IV & VI segera dipulihkan dan kerajaan Napoleon berakhir. Kongres Wina menegaskan Ferdinand memiliki kedua kerajaan kunonya, Napoli dan Sisilia, tetapi di bawah gelar terpadu baru Raja Dua Sisilia, yang akan bertahan hingga 1861.
Simbol Negara
1806–1808 Bendera Napoli berubah setelah Joseph Bonaparte menjadi raja.
1808–1811 Bendera Napoli berubah setelah Joachim Murat menjadi raja.