Semenjak akhir abad ke-13, keuskupan agung ini secara perlahan mendapat status reichsfreiheit dan memperoleh kemerdekaan dari adipati-adipati Bayern. Salzburg tetap menjadi keuskupan hingga pemerintahannya disekularisasi menjadi Elektorat Salzburg yang berusia pendek pada tahun 1803. Sebagai anggota Lingkar Bayern semenjak tahun 1500, Uskup Agung-Pangeran Salzburg memiliki gelar Primas Germaniae, walaupun mereka tidak pernah mendapat martabat elektoral. Dari lima keuskupan agung-pangeran Jerman di Kekaisaran Romawi Suci, Magdeburg dan Salzburg tidak memperoleh apa-apa dari Piagam Emas 1356. Uskup agung-pangeran terakhir Salzburg yang memiliki wewenang sekuler adalah Count Hieronymus von Colloredo, yang juga merupakan penyokong Wolfgang Amadeus Mozart yang berasal dari Salzburg.
