Pesantren NU di Balikpapan adalah pondok pesantren yang berada berdiri, tumbuh dan berkembang di Kota Balikpapan, Kalimantan Timur, dan berafiliasi kepada organisasi Islam Sunni terbesar di Indonesia, yaitu Nahdlatul Ulama. Pondok Pesantren NU biasanya mengajarkan kajian kitab-kitab klasik -biasa dikenal sebagai kitab kuning- sebagai basis ilmu agama dengan komprehensif, dan sebagian berkembang dengan memadukan pendidikan modern.