Secara administrasi Desa Kapundutan terdiri dari dua dusun, yang terbagi menjadi 3 Rt dan 1 Rw. Dusun itu diantaranya:
Kapundutan
Silenggak
Geografi
Desa ini berjarak 3km dari pusat Kecamatan Kandangserang sebelah Barat, serta 60km dari Kajen, pusat Kabupaten Pekalongan. Secara topografi Desa Kapundutan berada di daerah pegunungan dengan ketinggian 750 mdpl. Berada di pegunungan yang terdiri dari hutan dan kebun membuat Desa Kapundutan masih kadang ditemui binatang buas seperti macan kumbang.[butuh rujukan]
Desa Kapundutan memiliki satu sekolah dasar yaitu SD Negeri Kapundutan dengan 46-an siswa dan 7 guru. Di sektor kesehatan Desa Kapundutan memiliki satu Poskesdes dengan satu bidan desa. Masyarakat Desa Kapundutan keseluruhan beragama Islam, memiliki satu Masjid dan dua Mushola.[butuh rujukan]
