Awal Karier
Lahir di Madrid, Morales hanya bermain sepak bola amatir hingga usia 20-an. Pada "usia 10 atau 11 tahun", ia mencoba masa trial di Real Madrid, tetapi gagal. Lulusan pemuda ADC Brunete, ia membuat debut seniornya di Tercera División dengan AD Parla.
Morales menandatangani kontrak dengan Fuenlabrada yang juga berada di divisi keempat – dan Komunitas Madrid – pada tahun 2010. Dia mencetak 20 gol dalam satu musim, dan membawa klub finis di urutan kedelapan.
Levante
Pada 1 Juli 2011, Morales bergabung dengan Levante UD, awalnya ditempatkan di tim cadangan di divisi keempat dan dengan cepat dipromosikan ke tim utama di musim pertamanya, dengan pemain tersebut menyumbang 14 gol dalam 41 pertandingan. Pada 17 April 2013, ia menandatangani kontrak baru selama dua tahun dan dipromosikan ke skuad utama.
Morales dipinjamkan ke klub Segunda División SD Eibar pada 30 Juli 2013. Ia memainkan pertandingan pertamanya sebagai pemain profesional pada 18 Agustus 2013, dimulai dengan kemenangan tandang 2-1 melawan Real Jaén.
Morales mencetak gol profesional pertamanya pada 27 Oktober 2013, gol kedua dalam kemenangan 2-0 melawan Barcelona B. Dia menambah dua gol lagi dalam 40 penampilan kompetitif selama satu musim, membantu klub asal Basque itu untuk pertama kalinya promosi ke La Liga.
Kembali ke Levante, Morales melakukan debut di divisi teratas pada 30 Agustus 2014, dimulai dengan kekalahan tandang 3–0 dari Athletic Bilbao. Dia mencetak gol pertamanya dalam kompetisi pada 4 Oktober, dalam hasil imbang 3–3 melawan Eibar.
Pada 29 Mei 2015, Morales memperbarui kontraknya dengan Valencia, menandatangani kontrak hingga 2019. Dia mencetak 12 gol di musim 2018–19, dengan membuat lima assist untuk tim yang berada di urutan ke-15.
Morales mencetak 13 gol pada musim 2020–21, menjadikan dirinya sebagai pencetak gol terbanyak sepanjang masa Levante di divisi teratas. Dia mengulangi prestasi musim berikutnya (dengan tujuh assist), tetapi tidak mampu mencegah Levante dari jurang degradasi.