Pada tanggal 13 Juni 1395, Johanna Sophie menikah dengan Albrecht IV dari Austria di Wina. Pernikahan tersebut berakhir dengan sebuah pertikaian di antara ayahanda Johanna Sophie dan ayahanda Albrecht, Albrecht III dari Austria. Ayahanda Johanna Sophie setuju membayar 10,000 dai ia memberikan Albrecht III benteng gunung ular dan kota Deggendorf.
Albrecht sering berselisih dengan anggota keluarga Johanna Sophie, seperti dengan saudara iparnya Wenceslaus IV dari Bohemia dan saudara tirinya Sigismund, Kaisar Romawi Suci. Pertikaian tersebut hanya berakhir dengan kematian Albrecht pada tahun 1404. Johanna Sophie mengatur pernikahan untuk anak-anaknya. Ia bernegosiasi dengan Friedrich dari Bayern, untuk menikahkan putrinya, Margarete dengan putranya, Heinrich XVI dari Bayern. Heinrich dan Margarete menikah dua tahun setelah kematian Johanna Sophie.