Pada saat Belanda menyerang Brasil pada tahun 1640, Johan Nijhoff turut serta menjadi perwira cadangan. Ia tetap di Nederlands-Brazilië selama 9 tahun, dan menyusun karya berjudul Zee- en Lant-Reise door verscheide Gewesten van Oostindien, behelzende veele zeldzaame en wonderlijke voorvallen en geschiedenissen. Beneffens een beschrijving van lantschappen, dieren, gewassen, draghten, zeden en godsdienst der inwoonders: En inzonderheit een wijtloopig verhael der Stad Batavia. Karya tersebut baru diterbitkan 10 tahun setelah kematiannya.
Pada tahun 1663, ia menjadi duta besar di Quilon (kini Kollam, Sri Lanka). Sayangnya, pada tahun 1667, ia dipenjara selama 7 bulan karena terlibat perdagangan mutiara ilegal. Ia dikirim ke Batavia oleh Hendrik Adriaan van Reede tot Drakenstein dan dipecat oleh VOC di sana. Setelah pemecatan itu, ia menetap di Batavia dan menyusun Zee- en Lant-Reise door verscheide Gewesten van Oostindien, behelzende veele zeldzaame en wonderlijke voorvallen en geschiedenissen. Beneffens een beschrijving van lantschappen, dieren, gewassen, draghten, zeden en godsdienst der inwoonders: E inzonderheit een wijtloopig verhael der Stad Batavia. Buku tersebut menggambarkan situasi Batavia di abad ke-17, dan memuat cetakan dari lanskap yang dilukis oleh Francoys Dancx selama tinggal di Batavia.
Ia hilang dalam perjalanan ke pedalaman Madagaskar untuk mencari air. Saat itu, ia sedang menuju Nusantara dari Belanda.
Bibliografi
Gaspar, Lúcia, Viajantes em terras brasileiras: Documentos existentes no acervo da Biblioteca Central Blanche Knopf, Recife, Fundação Joaquim Nabuco.
