* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 17 Mei 2026 ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 4 Juli 2026
Jhon Córdoba memulai karier seniornya bersama Envigado pada tahun 2010. Pada tahun 2012, ia bergabung dengan klub Meksiko Chiapas. Setahun kemudian, ia bergabung dengan Querétaro dan sempat dipinjamkan ke Dorados serta klub Spanyol Espanyol pada tahun yang sama. Pada tahun 2014, ia bergabung dengan klub Spanyol Granada. Pada musim 2015–2016, ia dipinjamkan ke klub Jerman Mainz 05 sebelum bergabung secara permanen pada tahun 2016. Pada tahun 2017, ia bergabung dengan klub Jerman 1. FC Köln. Tiga tahun kemudian, ia bergabung dengan Hertha BSC. Sejak tahun 2021, ia bermain untuk klub Rusia Krasnodar.
Internasional
Jhon Córdoba pernah memperkuat tim nasional kelompok umur Kolombia pada level U-20. Sejak tahun 2019, ia membela tim nasional Kolombia. Ia turut memperkuat Kolombia pada Piala Dunia FIFA 2026.
