Beberapa pendapat
Dalam beberapa hal, Gonda "mengayuh melawan arus" dengan pendapat-pendapatnya. Cara pengajarannya ialah dengan membahas sumber-sumber secara khronologis. Pada sebuah waktu di mana pengaruh strukturalisme besar dan di mana semakin banyak hal dikerjakan secara "sinkronis", Gondapun tetap mengerjakan hal-hal dengan juga menggunakan metode historis.
Namun Gonda juga dikritik karena dia menggunakan istilah "primitif" untuk menyebut beberapa stadium perkembangan sejarah. Pada hakikatnya sebenarnya maksudnya tidaklah negatif, tetapi maksudnya ialah "pra-rasional". Pendekatannya secara subjektif kadang kala juga menarik perhatian. Pendapat orang-orang India Kuno menurut Gonda, juga perlu diperhatikan orang-orang barat. Bukankah di anak benua Hindia, meski ada perkembangan sains, tidak pernah timbul perbedaan atau pembedaan kebudayaan seperti di Barat yang telah membingungkan para sejarawan budaya?
Pada saat yang sama, Gonda tidak suka berspekulasi. Ia juga lain daripada seorang strukturalis ternama seperti Uhlenbeck atau seorang teoretikus ternama seperti C.C.Berg, Gonda kurang tertarik terhadap teori-teori umum dan lebih suka mengumpulkan data-data yang mendetail: teori-teori menurutnya harus minggir dan memberikan tempat pada fakta-fakta historis, bahkan jika fakta-fakta ini tidak bisa dilacak kembali.
Bidang-bidang yang diperhatikan
Dalam mengumpulkan data-data ini, ia tidak membatasi dirinya sendiri. Lingkup bidangnya yang tentu saja mencakup bahasa dan kesusastraan, ia tafsirkan seluas mungkin. Dalam magnum opus-nya Sanskrit in Indonesia ia secara eksplisit menjelaskan bahwa bidangnya mencakup segala pengetahuan tentang kebudayaan.
Aliran publikasinya, yang mulai dengan dua artikel di jurnal KITLV BKI (Bijdragen tot de Taal-, Land- en Volkenkunde) pada tahun 1930 dan 1931, juga mencakup banyak bahan.
Pada pidato pelantikannya, ia banyak menyampaikan pikiran-pikiran baru bahwa bahasa-bahasa Nusantara tidak hanya meminjam dari bahasa Sanskerta, tetapi juga sebaliknya. Pengaruh Nusantara juga mencapai anak benua India dan bahkan sampai di Timur Tengah dan Eropa pada masa pra-kolonial. Pemikirannya ini diteruskan di bukunya Sanskrit in India.
Pada tahun 1933 muncul suntingan teksnya mengenai teks Jawa Kuno Brahmāndapurāna. Berbeda dengan rekan-rekan sejawatnya yang hidup pada zaman yang sama, ia tidaklah mendasarkan suntingan teksnya pada satu naskah tetapi pada banyak naskah yang ia perbandingkan dalam sebuah silsilah. Gonda juga membicarakan latar belakang India teks ini yang menurutnya bukan sebuah terjemahan belaka dari bahasa Sanskerta.
Kemudian dua suntingan teks selanjutnya mengikutinya: Agastyaparwa pada tahun 1933 dan 1936, serta Bhismaparwa pada 1936-37.
Untuk para mahasiswa bahasa Sanskertanya ia menulis Kurze Elementar-Grammatik. Selain itu dalam kurun waktu beberapa tahun muncul banyak artikel-artikel linguistik dalam banyak bidang: ia memfokuskan perhatiannya pada sejarah ilmu bahasa-bahasa Nusantara, studi-studi kosakata, fonetika, morfologi, sintaksis dan terutama setelah Perang Dunia II, ilmu pengetahuan bahasa umum.
Publikasi Gonda pada bidang kesustraan kurang luas dan biasanya hanya untuk khalayak ramai saja. Yang terkenal ialah bunga setaman Letterkunde van de Indische Archipel (1947), beberapa fragmen kesustraan Nusantara yang ia terjemahkan dan ia beri komentar.
Setelah Fakultas Indologi ditutup pada tahun 1950, ia masih menerbitkan banyak publikasi tentang Nusantara dan Indonesia. Salah satu bidang utama yang ia perhatikan ialah pembauran antara beberapa aliran agama seperti pembauran antara agama Hindu-Siwa dan Buddha di Nusantara. Ia meneliti apakah hal ini khas Nusantara atau juga terdapat di luar Nusantara. Seperti pada bidang-bidang lainnya, Gonda menolak dalil bahwa sebuah fenomena sifatnya lokal dan terisolir.
