Jacob Batalon lahir di Honolulu, Hawaii. Orang tuanya merupakan keturunan Filipina.[8] Setelah lulus dari Catholic Damien Memorial School, ia melanjutkan pendidikannya di Kapi'olani Community College untuk mempelajari teori musik, tetapi akhirnya ia keluar. Ia kemudian mengambil program dua tahun untuk belajar akting di New York Conservatory for Dramatic Arts di mana ia mulai menyukai seni.[9]
