Iterbium(II) fluorida merupakan padatan berwarna abu-abu dan mengkristal dalam jenis fluorit yang analog dengan kalsium fluorida dengan sel unit sumbu a sebesar 559,46pm. Dalam struktur kristal iterbium(II) fluorida, kation Yb2+ dikelilingi oleh delapan anion F− dalam bentuk kubus, yang secara tetrahedral dikelilingi oleh empat Yb2+.[5]