Pada awalnya, bangunan ini digunakan sebagai rumah dinas untuk Presiden De Javasche Bank, sebuah lembaga keuangan yang beroperasi pada masa pemerintahan kolonial Belanda. Meskipun tahun pasti pendirian bangunan ini masih belum diketahui, gaya arsitekturnya mencerminkan ciri khas rumah Indische Woonhuizen, yang banyak didirikan pada abad ke-19; ditandai dengan penggunaan langgam-langgam Doria serta atap berbentuk perisai pada bagian teras depan bangunan.
Kompleks Istana terdiri dari dua gedung identik: Gedung Utama I dan Gedung Utama II. Gedung Utama I pernah direnovasi pada tahun 1921 oleh Biro Arsitektur Eduard Cuypers dan Marius J. Hulswit[nl]. Gedung ini juga pernah menjadi kediaman Sutan Sjahrir antara tahun 1945 hingga 1947. Sementara itu, Gedung Utama II, yang merupakan replika Gedung Utama I, dibangun antara tahun 1988 hingga 1993 pada masa kepemimpinan Wakil Presiden Soedharmono.
