Masa muda dan karier militer
Déby lahir pada 18 Juni 1952,[10] di desa Berdoba, sekitar 190 kilometer (120 mi) dari Fada di utara Chad.[11] Ayahnya adalah seorang penggembala miskin yang berasal dari klan Bidyat dari kelompok etnis Zaghawa. Setelah bersekolah di Sekolah Alquran di Tiné, Déby belajar di École Française di Fada dan di sekolah Perancis-Arab (Lycée Franco-Arabe)) di Abéché.[11] Ia juga belajar di Lycée Jacques Moudeina di Bongor dan memegang gelar sarjana sains.[12]
Setelah menyelesaikan sekolah, ia masuk Sekolah Perwira di N'Djamena.[11] Dari sana ia dikirim ke Prancis untuk pelatihan, kembali ke Chad pada tahun 1976 dengan sertifikat pilot profesional. Ia tetap loyal kepada kesatuannya dan Presiden Félix Malloum bahkan setelah otoritas pusat Chad runtuh pada 1979.[11] Ia kembali dari Prancis pada Februari 1979 dan mendapati Chad telah menjadi medan pertempuran bagi banyak kelompok bersenjata.[11] Déby dikenal dekat dengan Hissène Habré, salah satu panglima perang Chad. Setahun setelah Habré menjadi presiden pada tahun 1982, Déby diangkat menjadi panglima angkatan darat.
Pada tahun 1984, ia berhasil menghancurkan pasukan pro-Libya di Chad timur. Pada tahun 1985, Habré mengirimnya ke Paris untuk mengikuti kursus di École de Guerre; sekembalinya pada tahun 1986,[11] ia diangkat menjadi kepala penasihat militer kepresidenan. Pada tahun 1987, ia menghadapi pasukan Libya dengan bantuan Prancis[11] dalam perang yang disebut "Perang Toyota", mengadopsi taktik yang menimbulkan kerugian besar pada pasukan musuh. Selama perang, ia juga memimpin serangan ke Pangkalan Udara Maaten al-Sarra di Kufrah, di wilayah Libya.[11] Keretakan muncul pada 1 April 1989 antara Habré dan Déby karena meningkatnya kekuatan Pengawal Presiden.
Menurut Human Rights Watch,[13] Habré dinyatakan bertanggung jawab atas "pembunuhan politik yang meluas, penyiksaan sistematis, dan ribuan penangkapan sewenang-wenang", serta pembersihan etnis ketika pimpinan-pimpinan kelompok menjadi ancaman bagi pemerintahannya, termasuk dari kelompok etnis Zaghawa yang merupakan etnis di mana Déby berasal.[11] Semakin paranoid, Habré menuduh Déby, menteri dalam negeri Mahamat Itno, dan panglima tertinggi angkatan darat Chad Hassan Djamous mempersiapkan kudeta. Déby melarikan diri ke Darfur, kemudian ke Libya, di mana ia disambut oleh Khadafi di Tripoli.[11] Itno dan Djamous ditangkap dan dibunuh.[14] Karena ketiganya adalah etnis Zaghawa, Habré memulai kampanye yang menargetkan kelompok tersebut yang menyebabkan ratusan orang ditangkap, disiksa dan dipenjarakan. Puluhan orang tewas dalam penahanan atau dieksekusi mati.[14] Pada tahun 2016, Habré dihukum karena kejahatan perang oleh pengadilan internasional yang dibentuk secara khusus di Senegal.[15] Déby memberikan informasi rinci kepada Libya tentang operasi CIA di Chad. Khadafi menawarkan bantuan militer kepeada Déby untuk merebut kekuasaan di Chad sebagai gantinya adalah tawanan perang Libya.[11]
Déby melarikan diri ke Sudan pada tahun 1989 dan membentuk Gerakan Penyelamatan Patriotik, sebuah kelompok pemberontak,[16][17] yang didukung oleh Libya dan Sudan,[18] dan kemudian memulai operasi melawan Habré, dan pada 2 Desember 1990 pasukan Déby melakukan mars ke N'Djaména berakhir dengan kudeta yang berhasil menggulingkan Habré.[19]