Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri [3] terdiri dari:
Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri
Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (PTKIN) secara struktural berada di bawah Direktorat Pendidikan Tinggi Keagamaan Islam Negeri, Direktorat Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama.
Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen Negeri (PTKKN) secara struktural berada di bawah Direktorat Pendidikan Kristen, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama.
Terdapat tiga nama perguruan tinggi Kristen negeri di Indonesia yakni:
Institut Agama Kristen Negeri, disingkat IAKN.
Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri, disingkat STAKN.
Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan Negeri, disingkat STAKPN.
Walau ketiganya berbeda nomenklatur akan tetapi tetap sama naungannya dan satu ajaran, yakni ajaran agama Kristen Protestan.
Perguruan Tinggi Keagamaan Hindu Negeri secara struktural berada di bawah Direktorat Pendidikan Hindu, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu Kementerian Agama.
Perguruan Tinggi Keagamaan Katolik Negeri secara struktural berada di bawah Direktorat Pendidikan Katolik, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Katolik Kementerian Agama.
Perguruan Tinggi Keagamaan Buddha Negeri secara struktural berada di bawah Direktorat Urusan dan Pendidikan Agama Buddha, Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Buddha Kementerian Agama.