Pérez dipastikan promosi ke tim utama Athletic untuk musim 2010-11. Ia mencetak gol dalam penampilan resmi pertamanya saat menang kandang 3-0 atas Mallorca. Pada 8 Maret 2011, ia dipinjamkan ke SD Huesca dari Segunda División. Namun pada saat itu jendela transfer musim dingin telah ditutup, tetapi Federasi Sepak Bola Kerajaan Spanyol tetap mengizinkan kepindahan tersebut karena Huesca baru saja kehilangan David Bauzá karena cedera ligamen anterior cruciatum (ACL).
Pérez tampil lebih teratur pada musim 2011–12 di bawah pelatih baru Marcelo Bielsa. Ia bermain 40 pertandingan di semua kompetisi resmi. Ia kemudian dipinjamkan ke Mallorca pada musim 2013–14. Namun, ia kembali pada 31 Januari 2014 karena mengalami masalah stres.
Pada 18 Juli 2014, Pérez bergabung dengan Numancia setelah mengakhiri kontraknya dengan Athletic. Pada 2 Juli 2018, ia menyetujui kontrak empat tahun dengan Osasuna.
Karier kepelatihan
Pérez pensiun pada akhir musim 2021–22 di usia 34 tahun setelah membuat 85 penampilan resmi di Stadion El Sadar. Selanjutnya, ia bergabung dengan staf pelatih mantan rekan setimnya di Athletic Andoni Iraola di Rayo Vallecano.
Pérez seharusnya pindah bersama Iraola ke Bournemouth di Liga Utama Inggris pada musim panas 2023, tetapi ini tidak terjadi karena ia mendapat masalah izin kerja. Pada 14 Februari 2024, ia resmi kembali Campo de Fútbol de Vallecas sebagai pelatih kepala menggantikan Francisco Rodriguez yang dipecat. Dalam pertandingan pertamanya empat hari kemudian, ia membawa Rayo Vallecano bermain imbang 1–1 di kandang sendiri melawan Real Madrid.