Hubungan pertama antara wilayah Ceko dan wilayah Kolombia saat ini terjadi pada masa kolonial, selama kegiatan misionaris Yesuit di wilayah tersebut.[2] Pada tahun 1860/1870-an, ahli botani Ceko Benedikt Roezl menemukan tanaman sikasZamia roezlii di pantai Pasifik Kolombia. Tanaman itu dinamai menurut namanya. Pada tahun 1922, dimulailah kegiatan konsuler antara Cekoslowakia dan Kolombia. Sejak tahun 1926, konsul Kolombia berkedudukan di Praha. Pada tahun 1935, kedua negara sepakat untuk bertukar duta besar.[2]
