Henry D’Souza menerima pendidikan dasar di Kinnigoly kemudian melanjutkan pendidikan di Pompei High School, Kirem dan St. Aloysius College, Mangalore. Ia mempelajari filsafat dan teologi di Seminari Interdiosesan St. Joseph, Mangalore. Pada 5 Mei 1976, ia menerima penahbisan imamat di Keuskupan Mangalore.[1]