HMAS Balikpapan ditugaskan di Timor Timur di bawah INTERFET dan kemudian UNTAET. HMAS Balikpapan adalah kapal perang Australia terakhir yang bertugas di Timor Timur, meninggalkan Dili untuk terakhir kalinya pada Agustus 2001. HMAS Balikpapan kembali ke Timor Timur pada 2006 dalam Operation Astute.