Desa Guwokajen terdiri atas 13 pedukuhan terdiri dari 17 RT dan 3 RW yaitu:
Baranwetan (RT 01 RW 01)
Guwo (RT 02 RW 01)
Sukun (RT 03 RW 01)
Karanganyar (RT 04 RW 01)
Klinggen (RT 05,06 RW 02)
Selojaren (RT 07,08 RW 02)
Kajen (RT 09 RW 02)
Ngargoyoso (RT 10,11 RW 02)
Barankulon (RT 12,13 RW 03)
Dipan (RT 14 RW 03)
Kendalcilik (RT 15 RW 03)
Kendalgede (RT 16 RW 03)
Kwojowetan (RT 17 RW 03)
Pemerintahan
Pemerintah Desa Guwokajen terdiri Kepala Desa, Sekretaris Desa, Kepala Urusan Umum dan Perencanaan, Kepala Urusan Keuangan, Kepala Seksi Pemerintahan, Kepala Seksi Kesejahteraan, Kepala Seksi Pelayanan, dan 3 Kepala Kewilayahan. Selain itu terdapat Badan Permusyawaratan Desa yang terdiri dari 7 anggota.
Pendidikan
Lembaga pendidikan formal yang ada di Desa Guwokajen adalah:
