Gunung Windu bersama dengan Gunung Wayang yang berada dalam satu komplek pegunungan Wayang-Windu tersebut merupakan bagian dari rangkaian pembatas hidrologi dua kelompok daerah aliran sungai (DAS) utara dan selatan pulau Jawa. Sebagian lereng timur Gunung Windu masuk dalam sistem DAS Citarum di mana anak-anak sungai yang berhulu di lereng timur gunung tersebut bergabung dengan aliran utama di dalamnya, mengalir menuju pesisir utara Jawa hingga bermuara di Laut Jawa. Sedangkan sebagian besar lereng sebelah barat masuk kedalam sistem DAS Cilaki di mana anak-anak sungai yang berhulu di lereng barat gunung tersebut bergabung dengan aliran utama di dalamnya, mengalir menuju pesisir selatan Jawa hingga bermuara di Samudera Hindia.[3]
