Dalam sejarahnya, Desa Gili Anyar terbentuk dari suatu kisah di mana ada Seorang Buju' meminta air dari Saudaranya di Desa Gili Timur. Buju' tersebut bernama Buju' Markun. Setelah mendapat restu, Buju' Markun menarik tongkatnya agar dapat mengaliri air ke Desa Gili Anyar. Setelah itu terbentuklah nama desa, Gili en Anyar menjadi Gili Anyar.
