Sejarah Gereja St. Yusup Pekerja Mertoyudan berawal dari karya misi R.P. Franciscus Georgius Josephus Van Lith, S.J., yang dikenal sebagai Romo Van Lith.
Buah karya misi Romo Van Lith, S.J. menyebar kemana-mana, hingga ke daerah Mertoyudan, hingga didirikan Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan. Lalu, R.P. Th. Van der Putten, S.J. memberi wacana untuk membangun sebuah Gereja Katolik di Mertoyudan. Wacana itu pun disetujui. Lalu pada Januari 1956, dimulailah pembangunan Gereja Katolik di Mertoyudan. Pembangunan pun akhirnya selesai pada Agustus 1956. Dan pada 29 September 1956, Mgr.Albertus Soegijapranata memberkati Gereja yang didedikasikan bagi St. Yusuf Pekerja itu. Dengan demikian, Gereja Paroki Santo Yusup Pekerja Mertoyudan akhirnya resmi berdiri.[2]
Peribadatan
Gereja Santo Yusup Pekerja menyelenggarakan misa harian dan juga misa mingguan. Misa mingguan diselenggarakan pada Sabtu sore (17.00 WIB dalam Bahasa Indonesia) dan pada hari Minggu (06.00 dalam Bahasa Jawa dan 08.00 WIB dalam Bahasa Indonesia). Misa harian diselenggarakan pada pagi hari (05.30) dari hari Senin hingga Jumat. Perayaan Ekaristi harian dilaksanakan dalam Bahasa Indonesia pada hari Senin, Rabu, & Jumat, dan pada hari Selasa & Kamis dalam Bahasa Jawa. Misa Jumat Pertama dan Sabtu Imam diselenggarakan pada pagi hari dalam Bahasa Indonesia.
