Gereja Santo Andreas Rasul terletak dalam sebuah kompleks gereja yang luas dan terletak di pinggir jalan utama Margo Agung. Fasadnya dihiasi dua tingkat atap dengan sebuah Salib terdapat pada puncak tingkat atap teratas gereja ini. Pada fasad gereja, terdapat papan nama gereja, dengan sebuah pintu utama yang diapit oleh dua jendela kaca patri bergambarkan Tuhan Yesus dan Bunda Maria.
Tampak samping gereja
Interior
Pada interior gereja, terdapat panti umat di lantai dasar yang dipenuhi dengan bangku kayu dengan kapasitas bisa mencapai lebih dari 200 umat dalam keadaan duduk. Pada panti imam, terdapat sebuah kursi untuk pastor duduk dengan dekorasi lukisan Santo Andreas yang terletak pada bubungan atap di atas panti imam. Altarnya terbuat dari bahan marmer, serta terdapat dua patung rohani di sekitar panti imam yaitu Patung Bunda Maria dan Patung Hati Kudus Yesus. Ambo gereja terbuat dari bahan kayu jati.
Di kompleks gereja yang terbilang luas, terdapat sebuah rumah koster yang terletak persis di belakang bangunan utama gereja. Di sampingnya terdapat sebuah aula yang digunakan secara multifungsi untuk mendukung kegiatan umat Paroki Margo Agung. Di samping aula, terdapat pastoran serta lapangan parkir yang luas di depannya.
Gereja Santo Andreas Rasul, Paroki Margo Agung mengadakan Perayaan Ekaristi atau Misa setiap hari Minggu, pagi pada pukul 07.30 WIB. Terdapat juga Perayaan Ekaristi setiap Jumat Pertama.