Gereja saat ini terletak di situs bersejarah Kapel Santo Fransiskus Xaverius, yang merupakan tempat ibadah umat Katolik di daerah Wan Chai sejak tahun 1845.[4] Ada komunitas keagamaan, rumah sakit Katolik, dan rumah untuk bayi telantar dan wanita buta. Seiring bertambahnya jumlah umat, pastor paroki, Romo James Zilioli, dan umat Wan Chai bertekad untuk membangun gereja baru.[3]
Upaya persiapan dimulai sejak tahun 1934, tetapi karena kesulitan keuangan, pekerjaan konstruksi baru dapat dimulai pada akhir Februari 1949. Gereja baru tersebut, yang diberi nama "Gereja Jiwa-Jiwa Kudus", akhirnya diresmikan pada tanggal 19 Juli 1950, bertepatan dengan hari raya Bunda Maria dari Gunung Karmel. Pada tahun 1957, gereja tersebut berganti nama menjadi "Gereja Bunda Maria dari Gunung Karmel".[5]
Pada tahun 1990-an, Keuskupan Hong Kong menjual properti tersebut untuk mendapatkan pendanaan bagi keperluan lain. Dengan dedikasi Keuskupan dan bantuan umat paroki setempat, kesepakatan dicapai dengan pengembang untuk mengakomodasi sebuah gereja di dalam bangunan baru tersebut.[3]
Gereja baru tersebut resmi dibuka dan ditahbiskan pada 10 November 2001 oleh Kardinal John Baptist Wu Cheng-chung, Uskup Hong Kong saat itu.[5]
Desain Gereja
Desain khas gereja ini adalah jendela atap besar di atas altar, dengan manik-manik kristal kecil berkilau yang menggantung dan sebuah salib emas. Di dinding di belakang altar, terdapat mosaik yang menggambarkan adegan dalam Pernikahan di Kana karya seniman Meksiko, Francisco Borboa.[6] Terdapat juga aliran air yang mengalir dari altar ke kolam pembaptisan di pintu masuk gereja.[5]