Süßmayr dari sekitar tahun 1790/91 adalah siswa Wolfgang Amadeus Mozart dan Antonio Salieri. Dengan Süßmayr Mozart pada hari-hari terakhirnya membicarakan Requiem, sehingga Süßmayr bisa menyelesaikannya setelah dia meninggal dunia. Meski Süßmayr ini sering dikritik, gubahannya yang terdiri dari lima bagian sampai sekarang tetap dimainkan pula.
Mulai tahun 1792 Süßmayr menjadi dirigen di Nationaltheater dan mulai tahun 1794Kapellmeister di Opera Kekaisaran Wina.
Selain itu Süßmayr kadang kala dituduh bahwa ia berselingkuh dengan Konstanze, istri Mozart. Yang jelas salah satu anak Mozart diberi nama Franz Xaver Wolfgang Mozart.
