* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 22 April 2026 ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 2 Mei 2024
Pada 29 Juli 2018, Fajar mulai mewakili Indonesia sejak usia 16 tahun ketika ia melakukan debut dalam pertandingan tim Indonesia U-16 melawan Filipina U-16 di Kejuaraan Pemuda AFF U-16 2018, ia juga mencetak gol internasional pertamanya dalam debut tersebut yang berakhir dengan kemenangan 8–0.[5] Pada tanggal 11 Agustus, ia mencetak gol pembuka untuk Indonesia dalam pertandingan final yang berakhir 1-1 melawan Thailand U-17, hingga memenangkan adu penalti, ia berhasil membawa Indonesia menjadi juara Kejuaraan Pemuda AFF U-16 tahun 2018.[6]
Pada April 2023, Fajar dipanggil ke Indonesia U22 untuk mengikuti pelatihan persiapan SEA Games 2023.[10] Fajar melakukan debut internasional U22 pada 14 April 2023 dalam pertandingan persahabatan melawan Lebanon U-22 di Stadion Gelora Bung Karno, Jakarta.[11] Fajar kemudian mencetak 5 gol dalam 7 penampilan untuk Indonesia U-22, menjadikannya pencetak gol terbanyak bersama dan memenangkan medali emas di turnamen sepak bola SEA Games 2023.
Statistik karier
Gol internasional
Tabel kunci
Menunjukkan gol tercipta dari tendangan penalti
Menunjukkan Indonesia menang dalam pertandingan
Menunjukkan pertandingan berakhir seri
Menunjukkan Indonesia kalah dalam pertandingan
Per pertandingan yang dimainkan pada 11 Agustus 2018.
Daftar gol internasional Fajar Fathur Rahman untuk tim nasional Indonesia U-16
