Eugenio Andrés Lira Rugarcía tergabung dalam ordo Oratorian dan menerima penahbisan imamat dari Uskup Agung Puebla de los Ángeles, Rosendo Huesca Pacheco, pada 22 Februari 1991. Pada Februari 1998, ia ditugaskan di Keuskupan Agung Puebla de los Ángeles, Puebla.