Antara musim 2001-02 dan musim 2005-06, liga dibagi menjadi dua divisi, satu adalah Liga Kedua Kroasia Utara dan yang lainnya adalah Liga Kedua Kroasia Selatan. Masing-masing dari dua liga ini terdiri dari dua belas tim yang bermain di bawah sistem yang sangat identik dengan yang ada di Prva HNL. Namun, sejak awal musim 2006-07, Liga Kedua Kroasia yang bersatu terdiri dari dua belas tim dari seluruh negeri. Degradasi dari divisi ini menjadi salah satu divisi regional dari Treća HNL.
