Bafata didirikan pada pertengahan tahun 1800-an oleh Malam Santi, seorang veteran Mandinka dalam 'kampanye pengamanan' Portugis di pedalaman.[2] Pada tahun 1880-an, tempat ini menjadi pusat perdagangan Portugis, termasuk kacang tanah, sapi, kulit, tekstil, dan garam.[4]
Presidio Geba di dekatnya dipindahkan ke Bafata pada tahun 1906, secara dramatis meningkatkan profil dan kepentingan kota tersebut. Segera setelah itu, Komandan Vasco de Sousa Calvet de Magalhães tiba, dan menggunakan kerja paksa untuk membangun pasar, pelabuhan, jembatan, dan infrastruktur lainnya.[2] Kota ini menjadi sebuah kota pada tahun 1913.[5]