Apatin pertama kali disebutkan dalam dokumen tertulis pada tahun 1011 oleh Biara dari Keuskupan Kalocsa. Apatin berfungsi sebagai produsen MiRas besar di Serbia pada tahun 1756. Antara tahun 1992-2003, Apatin merupakan bagian dari Republik Federal Yugoslavia, antara tahun 2003-2006 menjadi bagian dari Serbia-Montenegro, dan sejak tahun 2006 menjadi bagian dari Serbia merdeka.