Tahun-tahun awal
Tengku Ali menggantikan ayahnya pada tahun 1835 sebagai Sultan Johor, tetapi tidak diakui sebagai Sultan Johor selama beberapa tahun pertama pemerintahannya.[8] Proklamasi pemerintah kolonial Inggris pada bulan September 1840 memberinya hak sebagai pewaris sah penerus ayahnya, tetapi tidak berarti pengakuan sebagai "Sultan Johor".[9]
Pada tahun 1840-an, Johor mulai menerima pemukim Tionghoa pertama (terutama imigran dari Swatow dan Chaozhou). Temenggong muda, Tun Daeng Ibrahim, mengambil alih tugas administratif negara bagian. Dia mengenakan pajak pada para pemukim ini, yang menjadi tanggung jawab Temenggong.[10] Namun, berbeda dengan Temenggong, Sultan Ali tidak mau melibatkan diri dalam urusan negara tetapi pada saat yang sama mengeluh karena menerima tunjangan yang tidak mencukupi dari Inggris. Ia terkenal karena kegemarannya pada gaya hidup boros, dan telah mengumpulkan banyak uang hutang pada tahun 1850-an.[11]
Sementara itu, kesetiaan masyarakat Melayu setempat di Johor terhadap kelas penguasa semakin terpecah antara kalangan bangsawan dan bangsawan. Pada tahun 1852, Thomas Church, Anggota Dewan Residen Singapura, menyimpulkan situasi masyarakat Melayu di sepanjang pantai timur Semenanjung Malaya:
Di lingkungan ini terdapat dua pihak, di satu sisi, Sultan Lingga, Sultan Trengganu, dan pangeran muda Johore; di sisi lain, Raja Bendahara dari Pahang, dan Temenggong Sri Maharaja.[12]
Meski demikian, tidak ada permusuhan besar akibat terbaginya kesetiaan antara bangsawan dan bangsawan.[12] Pada tahun yang sama, seorang pedagang Inggris, W.H. Read, mengendalikan stempel kerajaan Sultan Ali dengan imbalan janji untuk melikuidasi utangnya Sultan Johor dan menguasai pendapatan negara, dengan Temenggong sebagai pengikutnya.[13] Akibat tekanan ekonomi dan politik dari para pedagang tersebut, Gubernur sempat mempertimbangkan untuk memberikan pengakuan formal kepada Sultan Ali sebagai penguasa sah Johor, tetapi dalam prosesnya, ia mendapat protes keras dari Temenggong Daeng Ibrahim dan putra termudanya, Abu Bakar.[14]
Pada awal tahun 1850-an, Johor secara efektif berada di bawah kendali para pengikut Temenggong; dan mereka yang berusaha bertindak demi kepentingan Sultan Ali dengan cepat diusir secara paksa oleh para pengikut Temenggong.[15]
Pemisahan Johor
Serangkaian perundingan antara Sultan Ali dan Temenggong pun terjadi dengan pemerintah kolonial Inggris bertindak sebagai perantara, setelah Sultan Ali mempertanyakan hak Temenggong untuk menyimpan pendapatan negara untuk dirinya sendiri.[16] , Temenggong mengusulkan pembagian pendapatan perdagangan Johor dengan syarat Sultan Ali menyerahkan klaim kedaulatannya atas Johor. Usulan tersebut awalnya ditolak oleh Sultan Ali. Kedua belah pihak sepakat untuk mengupayakan intervensi langsung dari pemerintah Inggris, di antaranya adalah Gubernur Negara-Negara Selat Inggris, Kolonel William John Butterworth, dan penggantinya, Edmund Blundell diikat untuk bertindak sebagai mediator.[17]
Inggris menyukai prospek Temenggong dalam mengambil alih pemerintahan Johor dari Sultan. Klaim kedaulatan Sultan Ali dibantah oleh Inggris dan Temenggong, yang dengan cepat menunjukkan bahwa mendiang ayah Sultan, Sultan Hussein Shah tidak pernah secara aktif memperjuangkan hak kedaulatan atas Johor meskipun ia diakui oleh Inggris pada Perjanjian Britania Raya-Belanda 1824. Pada saat itu, Johor berada di bawah kendali efektif mendiang ayah Temenggong, Abdul Rahman, seperti halnya Pahang, yang berada di bawah kendali Bendahara. Dokumen lebih lanjut mengungkapkan bahwa jika Johor berada di bawah kendali seorang raja, secara de jure kedaulatan berada di bawah kekuasaan Sultan Lingga, Sultan Mahmud Muzaffar Shah dan bukan di bawah Sultan Ali.[18]
Temenggong dan Sultan Ali mengajukan proposal mereka kepada Gubernur Inggris pada bulan April 1854. Temenggong menyetujui permintaan Sultan untuk mengakui titulernya sebagai Sultan Johor, tetapi bersikeras untuk mempertahankan kekuasaan absolut atas seluruh Johor. Di sisi lain, Sultan Ali sempat menyampaikan keinginannya kepada gubernur agar wilayah Kesang (sekitar Muar) harus dikuasai langsung olehnya, dengan alasan beberapa leluhurnya dimakamkan di sana Inggris membujuk Temenggong untuk mengabulkan permintaan Sultan Ali dan menerimanya setelah banyak pertimbangan.[19]
Sebuah perjanjian ditandatangani pada tanggal 10 Maret 1855, di mana Sultan Ali secara resmi menyerahkan hak kedaulatannya di Johor kepada Temenggong secara permanen dengan pengecualian wilayah Kesang (sekitar Muar). Sebagai imbalannya, Sultan Ali dijamin pengakuan gelar "Sultan" oleh Temenggong dan pemerintah Inggris dan menerima sejumlah £3.948,10 sebagai kompensasi.[20] Sultan Ali juga dijanjikan insentif lebih lanjut berupa tunjangan bulanan sebesar £394,84 dari Temenggong, di bawah tekanan Gubernur Edmund Blundell (Gubernur Inggris di Singapura), yang berharap untuk mengakhiri untuk keluhan dan masalah keuangan Sultan Ali.[14]