Tidak banyak catatan mengenai latar belakang Ali Hanafiah. Ali Hanafiah diketahui pernah mengurus perpustakaan koleksi Soekarno di rumah pengasingannya di Bengkulu.[3] Ia menikah dengan Salmiyah Pane, adik Armijn Pane.
Menurut catatan Munawir Sjadzali, Ali Hanafiah memboyong keluarganya saat bertugas sebagai duta besar. Setelah kudeta Gerakan 30 September (G30S) yang gagal, ia memenuhi perintah untuk kembali ke Indonesia. Ia diperintahkan untuk menjemput keluarganya ke Indonesia. Kembali ke Kolombo, Ali Hanafiah dilaporkan menuju Tiongkok. Pemerintah Indonesia malebelinya sebagai simpatisan G30S.[4][5]
Sejak tahun 1971, ia telah tinggal permanen di Moskow dan berpartisipasi dalam faksi PKI di Uni Soviet.[6]