2000: Ultramania
Pada tahun 2000, ia kembali ke Korea Selatan setelah absen empat tahun. Pada hari kedatangannya di Bandara Kimpo International di Seoul, seluruh bandara telah penuh sesak oleh ribuan fans dan media mencoba untuk mendapatkan tampilan pertama pada Seotaiji.[4] Ada pembicaraan besar antara fans dan media tentang gaya feminin Seotaiji dan pakaian yang dikenakan pada hari itu, yang merupakan kemeja hitam dan putih kotak-kotak. Pada wawancara comeback pada tahun 2008, ia bercanda disebut sebagai salah satu saat yang paling memalukan dalam karier musiknya.
Ia merilis album Ultramania yang terdiri dari Nu metal dan Hardcore punk. Aksi solonya memiliki efek pada banyak boyband Korea Selatan seperti H.O.T dan menyebabkan mereka menurun dalam popularitas. Lagu-lagunya "Internet War" dan "Ultramania" adalah hit terbesar tahun ini. Setelah ETPFEST, yang didirikan selama comeback, Taiji disajikan dengan hide dari X Japan sebuah gitar Fernandes MG-360, yang kuning dengan hati pink, oleh orang tua hide dan saudaranya, Hiroshi, untuk merayakan keberhasilan ETPFEST dan showcase pertama hide di sebuah festival rock Korea. Selama comeback, ada argumen yang jarang penampilannya di TV bertujuan untuk membuat gambar misterius yang membantu mempromosikan popularitasnya, tetapi dalam kenyataannya kepribadiannya sangat tertutup dan sedikit yang diketahui tentang kehidupan pribadinya oleh masyarakat. Ia telah disebutkan dalam beberapa wawancara bahwa ia memilih untuk menjaga kehidupan pribadi yang terpisah dari karier musiknya, tetapi konsep ini tidak pernah diterima dengan baik oleh budaya Korea di mana profil pribadi selebritas sering banyak diungkapkan kepada publik. Ini adalah salah satu dari beberapa alasan dia dikritik sebagai sosok misterius.
2004: 7th Issue
Seo Taiji memilih genre Nu metal dalam album solo ketiganya, 7th Issue. Namun, tidak seperti Ultramania, 7th Issue sebagian besar direkam pada C tala turun, yang memberikan efek dari album terdengar seperti lagu lama. Namun, itu tidak ada masalah menarik perhatian berbagai khalayak. 7th Issue lagu rock yang catchy membuat para penggemarnya menyebutnya "Punk rock". Selain itu, ia menambahkan suara drum dan bass yang jelas suara di beberapa lagunya, sehingga membuktikan ia menjadi musisi elektronika menguntungkan (keterampilan yang ia pelajari dari memproduksi album "Seo Taiji & Boys"). J dari Luna Sea juga berpartisipasi dalam pembuatan album ini sebagai bassis. Lagunya "Live Wire", adalah hit yang baik menyukseskan kelincahan dari "Ultramania". "Robot" penawaran dengan pemuda dan penderitaannya, sementara lagu "FMBusiness" mengkritik isu-isu dan bisnis musik dikomersialisasikan dan eksploitasi seniman dari label rekaman perusahaan yang serakah. Ia juga menyentuh pada isu aborsi bersama dengan seksisme dan kekerasan seksual dengan lagu "Victim". Penjualan rekornya dikurangi menjadi setengah juta karena layanan download on-line, tetapi masih rekor penjualan tertinggi tahun 2004 di Korea Selatan. Taiji membuktikan dirinya sebagai seorang musisi dalam popularitas atas untuk lebih dari satu dekade. Setelah menjadi aktif sampai dengan tahun 2005, ia sekali lagi tiba-tiba menghilang dari sorotan.
2008~2009: 8th Atomos
Ia kembali ke Korea setelah absen lama, dan mengungkapkan single terbaru nya "Moai". Ini adalah rilis pertama ambisius 3-bagian "Proyek misteri" Seo Taiji, yang kemudian diikuti oleh singel, "Bermuda Triangle" yang disiapkan sebagai singel digital. Bagian ketiga, Atomos Part Secret, dirilis pada 10 Maret. Ia memiliki promosi yang disebut "Missing Taiji", di mana ada desas-desus palsu bahwa Taiji hilang, hanya untuk kembali pada hari konser "Wormhole". Dalam singel "Moai", Taiji memperkenalkan gaya eksperimental baru yang ia sebut "nature pound". "Moai" menarik inspirasi dari patung-patung misterius Pulau Paskah yang sudah lama ia sukai sejak masa kecilnya. Ia melakukan di 2008 ETPFEST yang ia memelopori untuk mempromosikan comeback bersama band-band seperti The Used, Dragon Ash, Death Cab for Cutie dan Marilyn Manson.
Ia juga mengumpulkan "The Great Seotaiji Symphony" dengan Tolga Kashif dan Royal Philharmonic Orchestra untuk melakukan hits lamanya dan lagu baru yang disajikan dalam bentuk yang sama sekali baru, menggabungkan musik rock dan klasik. Konser utama digelar di Stadion Seoul Worldcup.[5] Setelah konser utama, ada keluhan tentang kualitas suara tidak dikirimkan ke lantai kedua dan ketiga di ujung jauh dari stadion dan untuk menebus kesalahan ini, kinerja encore lain (setlist yang sama) diadakan pada bulan Desember pada tempat dalam ruangan, Jamsil Gymnasium ditingkatkan dengan sistem suara yang lebih baik.
Singel kedua Taiji, mengikuti Atomos Part Moai, disebut Atomos Part Secret diluncurkan pada tanggal 10 Maret 2009. Ini adalah tanggal yang sama dengan kedatangan Mars Reconnaissance Orbiter (MRO) ke Mars pada tahun 2006. Taiji juga menggelar konser mempromosikan singel kedua pada tanggal 14 dan 15. Tiket untuk konser, samar berjudul Wormhole, terjual habis hanya dalam 20 menit.[6]
Album ulang tahun ke-15 Seotaiji yang terdiri dari sebagian besar karya-karyanya sejauh ini,[7] direkam ulang dan dikuasai ulang tetapi dirilis dalam edisi terbatas dengan hanya 15.000 eksemplar yang tersedia, masing-masing dengan nomor seri yang unik. Nomor seri #1-15 dibeli oleh Seotaiji sendiri. Ia mengambil #1 untuk dirinya sendiri, memberi #2 dan #3 untuk teman-teman waktu lamanya Lee Juno dan Yang Hyun Seuk, dan sisanya ke teman-teman dekatnya. Karena lagu yang direkam ulang dan dikuasai ulang hanya tersedia untuk album ulang tahun terbatas dan tidak semua fans bisa beli, ia memutuskan untuk kembali merilis semua album dengan berisi versi baru. Pada tanggal 3 April, dua yang pertama album Seo Taiji and Boys yang diluncurkan kembali. Taiji akan merilisnya ke-7 dari albumnya, dari Nan Arayo! untuk 7th Issue. Pada tanggal 25 Mei, album 3 dan 4 Seo Taiji and Boys yang diluncurkan kembali.[8]
Pada 13 Juni, ia akan mengadakan tur nasional bernama "The Möbius".[9][10] Konser pertama akan diadakan di Seoul, Korea. Tur telah berakhir, tetapi mengulangi performa diberikan 2 bulan setelah selesai. ETPFEST 2009 juga diadakan dengan kelompok-kelompok tamu, seperti NIN, Limp Bizkit, Keane, Fade, Boom Boom Satelite, Pia dan GUMX.